Los pacientes se relajan en una silla de tratamiento reclinable y permanecen despiertos y alertas durante la sesión. El dispositivo de TMS envía pulsos magnéticos, de una intensidad similar a la de una resonancia magnética, a la zona del cerebro conocida por regular el estado de ánimo. Los pulsos, que se administran en intervalos de 30 segundos, se sienten como golpecitos en el cuero cabelludo, pero sin la sensación de que algo toque la piel. Durante la sesión, puedes escuchar música, ver televisión o simplemente relajarte.

Después de cada sesión, los pacientes pueden retomar de inmediato sus actividades normales, como conducir o regresar al trabajo o a la escuela. En ensayos clínicos, la mayoría de los pacientes experimentaron una respuesta positiva a la terapia TMS a partir de la tercera semana de tratamiento. Reportan tener más energía, deseo y motivación para realizar actividades, además de una mejor calidad del sueño. Algunos pacientes pueden notar resultados antes, mientras que otros pueden tardar un poco más. Sin embargo, para la cuarta o quinta semana de tratamiento, la mayoría informa que su estado de ánimo ha mejorado drásticamente y se ha vuelto más estable.